L'autorité de l'assemblée est davantage liée à la mission de l'Église qu'à ses réunions.
Le congrégationalisme a mauvaise réputation pour des raisons bien connues: réunions inefficaces, membres contestataires, pasteurs intimidés. Cependant, le congrégationalisme biblique se préoccupe davantage de donner à l'ensemble de l'Église les moyens de promouvoir et de protéger l'Évangile que du déroulement des réunions. Les pasteurs ont la responsabilité de diriger et d'équiper les membres afin que ceux-ci puissent se fortifier les uns les autres et poursuivre la mission du Christ dans le monde.