Томас Гудуин е роден през 1600 г. в Ролесби, Норфолк. Израства като религиозен човек, тъй като по онова време Норфолк е бил повлиян от пуританството. Когато отива да учи в Кеймбридж обаче, неговите амбиции са били (както той сам признава след време) да бъде познат като ерудиран проповедник и основното му желание е било да получава адмирации за това.
На погребение през 1620 година чува проповед, която го води до дълбоко духовно себеизпитване – има ли истинска благодат в сърцето му. Успява да се избави от тези мисли чак когато осъзнава, че сърцето му трябва да почива само в Христос, без да се доверява на нищо, което има в себе си.
За определено време поема поста на пуритана Ричард Сибс в църквата Света Троица. Бил е съвременник на Джон Оуен – великия пуритан, заедно с когото участват в съставянето на Савойската декларация на вярата, която е модификация на Уестминстърската изповед на вярата от 1646 година. Имал е подкрепата на Оливър Кромуел, при когото служи като капелан от 1656 година.
През последните 20 години от живота си е пастир, пише трактати и преподава в Лондон. Умира през 1680 г. с думите: „Сега винаги ще бъда с Господа“.