N. en Rock Creek (EE.UU.). Su padre era pastor congregacionalista y murió cuando tenía 11 años de edad. Estudió en la New Lyme Academy (Ohio) y en el Oberlin Conservatory College (Ohio). Se dedicó mininisterio como cantante cristiano y evangelista. En 1910 fue ordenado al ministerio congregacionalista, tres años después cambió su afiliación al presbiterianismo, al ser nombrado profesor de música en la Mount Hermon School para jóvenes. Su experiencia como pastor fue breve, de 1923 al 27, puesto que era reclamado como maestro bíblico en diversas partes de la nación. Viajó mucho en compañía de C.I. Scofiel (v.).
En 1903 fue profesor en la Philadephia School of the Bible, recien fundada por Scofield (v.) y Pettingill (v.), donde permaneció 20 años. En 1924 fundó, junto con W.H.G. Thomas (v.) el Evangelical Theological College (hoy Dallas Theological Seminary), del que fue su primer presidente y profesor de teología sistemática hasta el día de su muerte.
Chafer logró colocar su seminario en un lugar prominente en la escena religiosa norteamericana. De 1934 a 1952 editó la revista teológica Bibliotheca Sacra, en el 47 completó su mundialmente famosa Teología Sistemática en 8 volúmenes.
Premilenial y dispensacionalista destacado, se pronunció extensamente a su favor en su Teología Sistemática. Esto hizo que muchas de sus conclusiones se vieran algo distorsionadas, por lo que su teología se ha visto relegada, pese a sus secciones provechosas y provocativas. Aunque su recurso principal es la Biblia misma, no deja de tener sus páginas repletas de referencias a otros teólogos. Escrita con sencillez y claridad y bien estructurada. Calvinista sublasariano, moderado, en el sentido de explicar el plan o esquema de la elección mediante la presciencia infinita de Dios. El eje central de su teología fue la infinita gracia de Dios.